微生物在中藥的特殊環(huán)境中也有可能會產(chǎn)生新的代謝反應(yīng),因為中藥的物質(zhì)可能對微生物的生長和代謝有促進或抑制作用,從而改變微生物的代謝途徑,從而形成新的成分或改變各成分的相互比例。

　　微生物的分解作用有可能將中藥中的有毒物質(zhì)進行分解,中草藥型發(fā)酵飼料從而降低藥物的毒副作用,如菜籽餅、棉籽餅經(jīng)微生物發(fā)酵后可以脫去有毒物質(zhì),從而用來飼喂牲畜;

　　中草藥型發(fā)酵飼料也有可能經(jīng)微生物的分解作用使原來不易消化吸收的物質(zhì)變得易于吸收,如動物血經(jīng)微生物發(fā)酵后,消化吸收率可以成倍地提高。

　　由于微生物生長主要消耗的是動植物的蛋白質(zhì)、糖等常規(guī)物質(zhì),有可能對有效成分有濃縮作用,如發(fā)酵法提取薯蕷皂苷就是通過發(fā)酵去除薯蕷中的淀粉。就微生態(tài)制劑而言,有益菌本身就是很好的藥物,如雙歧桿菌。微生物容易誘變,中草藥型發(fā)酵飼料可以根據(jù)需要,運用現(xiàn)代生物技術(shù)對微生物進行改造,使之更適合中藥發(fā)酵的需要?，F(xiàn)代生物技術(shù)首先在微生物體中擁有運用,也是基因工程等技術(shù)*成熟的領(lǐng)域。